《图书室的女友》聚焦于中学图书室。主角图书委员周舟，发现有人总是匿名在书籍里夹带“心情书签”，写下无人回应的心事。周舟开始以“图书室精灵”的身份，在书签背后用铅笔回复。两人通过书签进行秘密对话，周舟渐渐发现，这个笔友竟然是她每天都会碰到、却从未说过话的转学生。
毕业前，转学生要回国了。他在书签上写：“明天我要走了，今天下午三点，图书室见。”周舟握着书签，在图书室里等到闭馆，身后传来声音：“你果然在这里。”
周舟在书签上写了太多关于自己的事，转学生通过细节锁定了她。他故意在图书室把一本书放回原位，然后回头对她眨了眨眼，周舟的脸瞬间就红了。
书签上开始出现“我好像喜欢上了一个人”的字样，周舟心跳加速地回复：“那就告诉她吧。”第二天，书签背面多了一行字：“我告诉了，她说她知道了。”
周舟在整理时，发现转学生的作业本笔迹和书签上的如出一辙。她震惊之余，偷偷把一本自己最喜欢的书放到了他常坐的位置上。
雨天的图书室格外冷清，书签上写着：“好安静，像世界只剩我一个人。”周舟回复：“你不是一个人，我还在这里看雨。”
周舟在归还的《挪威的森林》里，发现了一张自制书签，上面写着：“今天考砸了，好难过。”她用铅笔在背面写：“没关系，这本书里的主角也经常考砸。”